Το πρώτο μεταπτυχιακό πρόγραμμα ιδρύθηκε το 1993 (ΦΕΚ 952/31-12-1993) στο Τμήμα Φιλοσοφίας, Παιδαγωγικής και Ψυχολογίας (ΦΠΨ) με δύο ειδικεύσεις: Κλινική Ψυχολογία και Σχολική Ψυχολογία. Στη συνέχεια ιδρύεται το ανεξάρτητο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σχολικής Ψυχολογίας (ΦΕΚ 305/ 7-5-1996), ενώ με αντίστοιχα ΦΕΚ που εκδόθηκαν τα επόμενα χρόνια το μεταπτυχιακό πρόγραμμα εξελίσσεται και εμπλουτίζεται ως προς τη δομή, τον σκοπό και το περιεχόμενο (ΦΕΚ 285/07-03-2005, ΦΕΚ 214/22-2-2007). Με την ίδρυση του ανεξάρτητου Τμήματος Ψυχολογίας (ΠΔ 85/2013) γίνεται επανίδρυση του ΠΜΣ «Σχολική Ψυχολογία» με δύο ειδικεύσεις (α) «Σχολική Ψυχολογία» και β) «Εφαρμογές της Ψυχολογίας στη σχολική κοινότητα» (ΦΕΚ 952/Β΄/1993, 305/Β΄/1996, 285/Β΄/2005, 214/Β΄/2007, 795/Β΄2015, ΦΕΚ 3825/Β΄/2018, ΦΕΚ 4571/Β΄/2018, 4086/ Β'/ 2023, ΦΕΚ 4496/ Β'/ 2023, ΦΕΚ 5238/ Β'/2023  ΦΕΚ 6117/ Β΄/2023) με εμπλουτισμό του σκοπού και του περιεχομένου των μαθημάτων και της πρακτικής άσκησης. Μετά τον καθορισμό των κριτηρίων συνάφειας διδακτορικών και μεταπτυχιακών τίτλων σπουδών με το αντικείμενο της Σχολικής Ψυχολογίας, το ΠΜΣ «Σχολική Ψυχολογία» αποκτά τη σχετική συνάφεια (ΦΕΚ 1152/5-4-2019). Παράλληλα αναγνωρίζεται Παιδαγωγική και Διδακτική επάρκεια στους/στις αποφοίτους του ΠΜΣ «Σχολική Ψυχολογία» (ΦΕΚ  1656/ Β΄/2020, ΦΕΚ 2664/Β’ /2020)

Ο ομότιμος καθηγητής Ιωάννης Παρασκευόπουλος υπήρξε ο πρώτος Διευθυντής του Μεταπτυχιακού Προγράμματος στο ΦΠΨ (1993-2000), ενώ στη συνέχεια, από το 2000 έως το 2010, Διευθυντής του Μεταπτυχιακού Προγράμματος ήταν ο ομότιμος καθηγητής Ηλίας Μπεζεβέγκης. Από το 2010 έως σήμερα Διευθύντρια του ΠΜΣ «Σχολική Ψυχολογία» είναι η καθηγήτρια Σχολικής Ψυχολογίας Χρυσή (Σίσσυ) Χατζηχρήστου.